4 artikelen in Retrovirology tonen contaminatie XMRV aan

tanto · Bericht door **tanto** » 20 dec 2010, 16:49

http://www.ucl.ac.uk/news/news-articles/1012/10122001

http://www.bbc.co.uk/news/health-12041687

weet iemand hier al meer van???

JannekeB · Bericht door **JannekeB** » 20 dec 2010, 17:03

Maar dat is schrikken!!

Dit vond ik elders, dat klinkt anders. Wel contamintion maar niet meteen xmrv bij ME van tafel:

During pilot studies to investigate the presence of viral RNA of xenotropic murine leukemia virus (MLV)-related virus (XMRV) infection in sera from chronic fatigue syndrome (CFS) patients in Japan, a positive band was frequently detected at the expected product size in negative control samples when detecting a partial gag region of XMRV using a one-step RT-PCR kit. We suspected that the kit itself might have been contaminated with small traces of endogenous MLV genome or XMRV and attempted to evaluate the quality of the kit in two independent laboratories. We purchased four one-step RT-PCR kits from Invitrogen, TaKaRa, Promega and QIAGEN in Japan. To amplify the partial gag gene of XMRV or other MLV-related viruses, primer sets (419F and 1154R, and GAG-I-F and GAG-I-R) which have been widely used in XMRV studies were employed. The nucleotide sequences of the amplicons were determined and compared with deposited sequences of a polytropic endogenous MLV (PmERV), XMRV and endogenous MLV-related viruses derived from CFS patients. We found that the enzyme mixtures of the one-step RT-PCR kit from Invitrogen were contaminated with RNA derived from PmERV. The nucleotide sequence of a partial gag region of the contaminant amplified by RT-PCR was nearly identical (99.4 % identity) to a PmERV on chromosome 7 and highly similar (96.9 to 97.6 %) to recently identified MLV-like viruses derived from CFS patients. We also determined the nucleotide sequence of a partial env region of the contaminant and found that it was almost identical (99.6 %) to the PmERV. In the investigation of XMRV infection in patients of CFS and prostate cancer, researchers should prudently evaluate the test kits for the presence of endogenous MLV as well as XMRV genomes prior to PCR and RT-PCR tests.

magnetronnie · Bericht door **magnetronnie** » 20 dec 2010, 17:17

tanto schreef:http://www.ucl.ac.uk/news/news-articles/1012/10122001

http://www.bbc.co.uk/news/health-12041687

weet iemand hier al meer van???

Ik ben nog niet helemaal overtuigd. Het enige wat ze hebben gedaan is naar het genome kijken, maar daarmee toon je niet automatisch aan dat er inderdaad sprake is van contaminatie.

Nouja zolang het virus niet is geïsoleerd blijft het voorlopig een beetje een welles/nietes spelletje ben ik bang.

tanto · Bericht door **tanto** » 20 dec 2010, 17:24

Magnetronnie, je relativeert het wel lekker

welles nietes inderdaad. Ik ben benieuwd wat de reactie van WPI is op dit artikel. Maar er staat vooralsnog nog niets op hun site.

Ik neem trouwens aan dat kijken naar het genoom wel iets zegt, anders publiceren ze het toch niet ?? (ik ben verder een leek en heb nog niet heel het artikel gelezen).

annemoontje · Bericht door **annemoontje** » 20 dec 2010, 18:27

Mmmm... ik kan er ook niet echt over oordelen, maar vind het wel dubieus. Is dit niet het spelletje dat eerder is gespeeld na de publicatie door WPI vorig jaar en is dat niet volledig ontkracht? En ik lees niets over de onafhankelijke studie van het NIH/FDA, die toch juist wel aardig wat variaties in het virus hadden gevonden dat contaminatie uitsluit.

hier staat een kort stukje erover en als je klikt op 'hier' bij "twaalf argumenten...." zie je waarom het een argument is dat niet echt steek houdt. Leest en oordeelt zelf

http://www.hetalternatief.org/XMRV%202010%20787.htm

Verder blijft het helaas welles-nietes, heel terecht opgemerkt idd Magnetronnie!

tanto · Bericht door **tanto** » 20 dec 2010, 18:45

annemoontje, dank je voor de link!
Dat argument van die antibodies is inderdaad wel een goede (de rest ook, maar bij deze had ik zoiets van: oh ja natuurlijk). We wachten met spanning af....

magnetronnie · Bericht door **magnetronnie** » 20 dec 2010, 18:46

tanto schreef:Magnetronnie, je relativeert het wel lekker welles nietes inderdaad. Ik ben benieuwd wat de reactie van WPI is op dit artikel. Maar er staat vooralsnog nog niets op hun site.

Ik neem trouwens aan dat kijken naar het genoom wel iets zegt, anders publiceren ze het toch niet ?? (ik ben verder een leek en heb nog niet heel het artikel gelezen).

Je hebt gelijk, het toont zeker iets aan. Ik bedoelde eigenlijk dat het indirect bewijs is, maar geen direct bewijs.

tanto · Bericht door **tanto** » 20 dec 2010, 18:49

Magnetronnie; wat is er precies indirect bewijs aan?? (ik ben nochtans niet blond

)

annemoontje · Bericht door **annemoontje** » 20 dec 2010, 18:57

Volgens dat artikel:"There have now been a number of attempts which have failed to find the retrovirus in other samples, and this research suggests that in fact XMRV is probably a contamination from mouse DNA.

"These latest findings add to the evidence and it now seems really very, very unlikely that XMRV is linked to chronic fatigue syndrome." Ik heb onderstreept wat hij zegt in dat artikel wat echt zo onwetenschappelijk is als maar mogelijk is in mijn (overigens leken-)ogen. Als dat de manier is waarop de wetenschap conclusies trekt, dan wil ik ook graag wetenschapper worden, want dan is het niet moeilijk!

Er staat ook niets over de verschillende studies (zijn er ook meer dan 2) die wèl XMRV en MLV hebben gevonden en wordt het ook wel heel simpel gesteld voor zover ik begrijp enkel en vooral op basis van het feit dat 4 studies het virus niet hebben gevonden (dat dit aan de methode kan liggen komt kennelijk niet bij ze op). "Our conclusion is quite simple: XMRV is not the cause of chronic fatigue syndrome,". Dat kan nog helemaal niet gesteld worden, zover zijn we nog lang niet.

Mij bekruipt toch heel sterk het gevoel dat dit een (smerige) lobby is om een bijna-schandaal af te wenden en te hopen dat de wereld erin trapt zonder kritische vragen te stellen.

magnetronnie · Bericht door **magnetronnie** » 20 dec 2010, 19:16

tanto schreef:Magnetronnie; wat is er precies indirect bewijs aan?? (ik ben nochtans niet blond )

Direct bewijs zou bijvoorbeeld zijn als ze daadwerkelijk de bron van de contaminatie opsporen, bijvoorbeeld muis DNA die per ongeluk in de reagentia terecht is gekomen. Maar dan verwacht je veel meer positieve resultaten in de controlegroep.
Indirect bewijs is wat ze hier hebben gedaan. Het genoom komt heel erg goed overeen met het genoom was is gevonden, dus dan zal het wel contaminatie zijn.

Ik weet helaas te weinig van dit onderwerp af om er echt iets zinnigs over te zeggen.

tanto · Bericht door **tanto** » 20 dec 2010, 19:19

Je legt het anders heel helder uit. Dank.

magnetronnie · Bericht door **magnetronnie** » 20 dec 2010, 19:24

http://www.retrovirology.com/content/7/1/111
http://www.retrovirology.com/content/pd ... -7-111.pdf

Hier zijn de links naar het artikel.

Edit: ik maak wel een nieuwe topic aan, het verhaal wordt nog een stukje uitgebreider. Er zijn deze week 4 onafhankelijke studies gedaan, met allemaal dezelfde conclusie. De studie hierboven is daar één vna.

magnetronnie · Bericht door **magnetronnie** » 20 dec 2010, 19:39

Contamination of clinical specimens with MLV-encoding nucleic acids: implications for XMRV and other candidate human retroviruses

Abstract: Efforts to assess the prevalence of xenotropic murine leukemia virus-related virus (XMRV) in patients with prostate cancer and chronic fatigue syndrome have relied heavily on PCR-based testing of clinical samples and have yielded widely divergent findings. This week in Retrovirology, reports from four independent research groups illustrate the extreme care needed to exclude DNA or RNA contamination in PCR analyses of XMRV. In addition, phylogenetic evidence suggesting that previously-published XMRV sequences originated from a commonly-used prostate carcinoma cell line (22Rv1) is presented. These findings raise important questions regarding the provenance of XMRV and its potential connection to human disease.

http://www.retrovirology.com/content/7/1/112

De vier artikelen:

Disease-associated XMRV sequences are consistent with laboratory contamination
http://www.retrovirology.com/content/7/1/111

An endogenous murine leukemia viral genome contaminant in a commercial RT-PCR Kit is amplified using standard primers for XMRV
http://www.retrovirology.com/content/7/1/110

Contamination of human DNA samples with mouse DNA can lead to false detection of XMRV-like sequences
http://www.retrovirology.com/content/7/1/109

Mouse DNA contamination in human tissue tested for XMRV
http://www.retrovirology.com/content/7/1/108

annemoontje · Bericht door **annemoontje** » 20 dec 2010, 19:41

Ik snap dat artikel niet erg, mij te wetenschappelijk om te proberen te begrijpen. Maar mag ik aanvoeren dat het als het klopt wat ze stellen over contaminatie, het wel erg vreemd is dat de wetenschappers van de negatieve studies helemaal niets hebben gevonden in de positieve stalen van het WPI.. Wel of niet het virus vinden heeft niets te maken met contaminatie toch? Het virus zat in de samples (al dan niet gecontamineerd) die na de negatieve bevindingen gestuurd zijn naar de laboratoria in UK, NL enz om te kijken of ze het daar wel in konden vinden. Afgezien van het feit of het al dan niet om contaminatie zou gaan, stellen dat het niet terugvinden van het virus met contaminatie te maken heeft (wat ik uit het BBC verhaal haalde, zie mijn punten hierboven) klopt dan toch nog niet of ben ik echt te leek hiervoor?

tanto · Bericht door **tanto** » 20 dec 2010, 20:00

Misschien kan Zuiderzon het hele draadje even verplaatsen.

Annemoontje er zijn wel meer dingen raar inderdaad als je die 12 punten leest. Waarom is er dan een verschil tussen de CFS en de controlegroep. Je verwachten dat de percentages bij contaminatie gelijk zijn. Hoe meer ik erover nadenk hoe vreemder het wordt.

Ik ga even op zoek naar het nieuwe topic van Magnetronnie. En verder ga ik er vandaag wegens extreme vermoeidheid niet meer te veel over nadenken